In vergelijking met conventionele destillatietechnologie heeft moleculaire destillatie de volgende kenmerken
1. Gewone destillatie is een scheidingsbewerking bij kookpunttemperatuur, terwijl moleculaire destillatie bij elke temperatuur kan worden gescheiden zolang er voldoende temperatuurverschil is tussen de koude en hete oppervlakken. Daarom is de werktemperatuur van de moleculaire destillatie veel lager dan het kookpunt van het materiaal.
2. Gewone destillatie heeft het fenomeen van borrelen en koken, terwijl moleculaire destillatie de vrije verdamping is van het oppervlak van de vloeistoffilm. De werkdruk is erg laag. Het is in het algemeen in de orde van 0,1 tot 1 Pa. De verwarmingstijd is erg kort, in het algemeen slechts tien seconden tot tientallen seconden.
3. De verdamping en condensatie van gewone destillatie zijn omkeerbare processen, en de vloeistoffase en de gasfase bevinden zich in een dynamisch fase-evenwicht. Bij het moleculaire destillatieproces vliegen de moleculen die van het verwarmingsoppervlak ontsnappen direct naar het condensatieoppervlak en keren ze theoretisch niet terug naar het verwarmingsoppervlak. De mogelijkheid van moleculaire destillatie, dus er is geen stof die niet gemakkelijk te scheiden is.